Diep onder de Petrus en Pauluskerk liggen twee grafkelders. Met hun massieve bakstenen tongewelven doen ze denken aan de kelders van een kasteel. Via een smalle, gemetselde trap daal je eerst af in de priesterkelder, bedoeld voor het bijzetten van geestelijken. Een ijzeren deur links achterin de ruimte biedt toegang tot de grafelijke grafkelder, oorspronkelijk gereserveerd voor de familie Van Schaesberg. In de rechter zijwand van de priesterkelder zijn acht grafnissen aanwezig. Hierin staan doodskisten met daarin de stoffelijke overschotten van pastoors, een deken en een onbekende non. Sommige kisten zijn nog grotendeels intact, andere in meer of mindere mate vergaan. In de loop van de 20e eeuw raken alle grafnissen bezet, terwijl de grafelijke grafkelder nog voldoende ruimte biedt. Als graaf Heino van Schaesberg-Tannheim in 1982 Schaesberg bezoekt, geeft hij het kerkbestuur toestemming om voortaan ook deze ruimte te gebruiken voor geestelijke bedienaren van de kerk die hier bijgezet willen worden. Dat vraagt om een aanpassing, waarbij de drie aanwezige stoffelijke overschotten een nieuwe rustplaats zullen krijgen. Met toestemming van de gemeente Landgraaf worden de resten geborgen. Een oorkonde die in de grafelijke grafkelder hangt, schetst wat de kerkmeesters daarbij aantreffen. Op gemetselde muurtjes rusten twee vervallen eikenhouten doodskisten. Beide kisten zijn groen geverfd en afgewerkt met eenvoudige ijzeren handgrepen en vier bolvormige sierknoppen. Een van de kisten bevat de resten van graaf Frederik Sigismond Theodoor van Schaesberg, geboren in 1660 en overleden in 1733. Hij voltooide de kerk en was de laatste adellijke bewoner van Kasteel Schaesberg. In de tweede kist rust Graaf Joseph Frans Antoon Arnold van Schaesberg, geboren in 1739 en overleden in 1812. Hij was Ridder van de Duitse Orde en sleet zijn laatste levensjaren in Commanderij Blatzheim. Ter hoogte van zijn borst zien de kerkmeesters een purperen zijden kruis, afgezet met zilveren randen. Op wat losliggende bakstenen naast beide doodskisten staat een blank gelakt eikenhouten doodskistje. Het is slechts 1.20 meter lang en afgewerkt met grote hengsels en rozetten. Hierin rust gravin Maria van Schaesberg-Tannheim, geboren in 1857 en al overleden in 1862. Ze stierf in de buurt van Stuttgart, tijdens een reis van Tannheim naar Krickenbeck. Omdat de vlakbij Kasteel Krickenbeck gelegen kerk van Hinsbeck werd verbouwd toen zij stierf, week de familie uit naar Schaesberg. Maria droeg witte lakschoentjes en een ruim geplooid zalmroze jurkje van zijde. De kerkmeesters brengen de stoffelijke resten over in drie keramische urnen met daarop de namen en het familiewapen van de overledenen. Ze krijgen een plaats in de bovenste drie van dertien grafnissen die het kerkbestuur voor nieuwe bijzettingen laat opmetselen. De nis van graaf Frederik Sigismond Theodoor wordt afgesloten met een steen die zijn familiewapen draagt, afkomstig van de oorspronkelijke pastorie die in 1937 werd afgebroken. Rond Pasen 1983 is het werk in de grafelijke grafkelder voltooid. Sindsdien zijn hier nog een pastoor-deken en een priester bijgezet.